בע"ח וצמחים אינם חיים בסביבה סטרילית אלא נמצאים באינטראקציה בתוכם ובחוץ עם מיקרואורגניזמים. צריך להתייחס לגוף בע"ח/הצמח כ"סביבה אקולוגית".